数码显微镜是由光学显微镜和显微数码成像装置组成的。它采集到的图像可以直接在电脑或电视机上显示。

通常，数字信号的显微数码成像装置是USB接口直接连接电脑主机，而模拟信号的显微镜摄像头是AV接口接电视机。数字信号的显微数码成像装置采集到的图像可以直接保存在电脑中，而模拟信号的显微镜摄像头需要增配一个采集卡才能保存采集到的图像。

数码显微镜按观察筒的不同可以分成三类：单筒数码显微镜、双目数码显微镜和三目数码显微镜。

单筒数码显微镜只能通过显示器观察放大后的图像；双目数码显微镜是将显微数码成像装置接在其中一个目镜上；三目数码显微镜有专门的第三目位置直接加一个接口来连接显微数码成像装置，三目数码显微镜可以同时实现人眼观察和数码图像多人预览。
  
世界上第一台数码显微镜于1986年由一家日本透镜公司制造而成。

USB数据线的发明带动了数码显微镜的发展，带有USB数据线的数码显微镜可以直接连接电脑主机，无需添加采集卡就可以直接采集图像，为实际的操作带来了很大的便捷。

数码显微镜堪称是光学界的一次大飞跃。

数码显微镜和光学显微镜的区别：数码显微镜和光学显微镜最基本的区别是放大倍数。
光学显微镜的总放大倍数=物镜的放大倍数X目镜的放大倍数
数码显微镜的总放大倍数=物镜的放大倍数X接口的倍数X数码放大倍数
数码放大倍数取决于显微数码成像装置传感器的尺寸和显示器的尺寸。